# You can use this file to create a conda environment for this pipeline:
#   conda env create -f environment.yml
name: nf-core-sarek-2.6
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - conda-forge::markdown=3.1.1
  - conda-forge::pymdown-extensions=6.0
  - conda-forge::pygments=2.5.2
  - bioconda::ascat=2.5.2
  - bioconda::bcftools=1.9
  - bioconda::bwa=0.7.17
  - bioconda::cancerit-allelecount=4.0.2
  - bioconda::cnvkit=0.9.6
  - bioconda::control-freec=11.5
  - bioconda::ensembl-vep=99.2
  - bioconda::fastqc=0.11.9
  - bioconda::freebayes=1.3.2
  - bioconda::gatk4-spark=4.1.6.0
  - bioconda::genesplicer=1.0
  - bioconda::htslib=1.9
  - bioconda::manta=1.6.0
  - bioconda::msisensor=0.5
  - bioconda::multiqc=1.8
  - bioconda::qualimap=2.2.2d
  - bioconda::samtools=1.9
  - bioconda::snpeff=4.3.1t
  - bioconda::strelka=2.9.10
  - bioconda::tiddit=2.7.1
  - bioconda::trim-galore=0.6.5
  - bioconda::vcfanno=0.3.2
  - bioconda::vcftools=0.1.16
  - conda-forge::pigz=2.3.4 
  - conda-forge::r-ggplot2=3.3.0
