Framework para a Construção de Redes Filogenéticas em Ambiente de Computação de Alto Desempenho
No presente artigo é apresentado uma avaliação de desempenho de um Framework de Redes Filogenéticas no ambiente do supercomputador Santos Dumont. O trabalho reforça os benefícios de paralelizar o framework usando abordagens paralelas baseadas em Computação de Alta Vazão (CAV), e Computação de Alto Desempenho (CAD). Os resultados da execução paralela do framework proposto, demonstram que este tipo de experimento da bioinformática é apropriado para ser executado em ambientes de CAD; apesar de que nem todas as tarefas e programas componentes do framework tenham sido criados para usufruir de escalabilidade em ambientes de CAD, ou de técnicas de paralelismo em diferentes níveis. A análise comparativa da execução dos cinco pipelines de forma sequencial (como desenhado e usado originalmente por bioinformatas) apresentou um tempo estimado de 81, 67 minutos. Já a execução do mesmo experimento por meio do framework executa os cinco pipelines de forma paralela e usufruindo de um melhor gerenciamento das tarefas, gerando um tempo total de execução de 38,73 minutos. Essa melhora é de aproximadamente 2, 11 vezes em tempo de execução sugere que a utilização de um framework otimizado leva à diminuição do tempo computacional, à melhora de alocação de recursos e ao tempo de espera na alocação.
SEEK ID: https://workflowhub.eu/publications/31
DOI: 10.5753/wscad.2022.226366
Teams: HP2NET - Framework for construction of phylogenetic networks on High Per...
Publication type: InProceedings
Journal: Anais do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2022)
Book Title: Anais do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2022)
Publisher: Sociedade Brasileira de Computação
Citation: Anais do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2022),pp.73-84,Sociedade Brasileira de Computação
Date Published: 19th Oct 2022
Registered Mode: by DOI
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Created: 9th Jan 2024 at 12:54
Last updated: 9th Jan 2024 at 12:57
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