Framework para a Construção de Redes Filogenéticas em Ambiente de Computação de Alto Desempenho

Abstract:
        No presente artigo é apresentado uma avaliação de desempenho de um Framework de Redes Filogenéticas no ambiente do supercomputador Santos Dumont. O trabalho reforça os benefícios de paralelizar o framework usando abordagens paralelas baseadas em Computação de Alta Vazão (CAV), e Computação de Alto Desempenho (CAD). Os resultados da execução paralela do framework proposto, demonstram que este tipo de experimento da bioinformática é apropriado para ser executado em ambientes de CAD; apesar de que nem todas as tarefas e programas componentes do framework tenham sido criados para usufruir de escalabilidade em ambientes de CAD, ou de técnicas de paralelismo em diferentes níveis. A análise comparativa da execução dos cinco pipelines de forma sequencial (como desenhado e usado originalmente por bioinformatas) apresentou um tempo estimado de 81, 67 minutos. Já a execução do mesmo experimento por meio do framework executa os cinco pipelines de forma paralela e usufruindo de um melhor gerenciamento das tarefas, gerando um tempo total de execução de 38,73 minutos. Essa melhora é de aproximadamente 2, 11 vezes em tempo de execução sugere que a utilização de um framework otimizado leva à diminuição do tempo computacional, à melhora de alocação de recursos e ao tempo de espera na alocação.

SEEK ID: https://workflowhub.eu/publications/31

DOI: 10.5753/wscad.2022.226366

Teams: HP2NET - Framework for construction of phylogenetic networks on High Per...

Publication type: InProceedings

Journal: Anais do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2022)

Book Title: Anais do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2022)

Publisher: Sociedade Brasileira de Computação

Citation: Anais do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2022),pp.73-84,Sociedade Brasileira de Computação

Date Published: 19th Oct 2022

Registered Mode: by DOI

Authors: Rafael Terra, Kary Ocaña, Carla Osthoff, Lucas Cruz, Philippe Navaux, Diego Carvalho

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Citation
Terra, R., Ocaña Kary, Osthoff, C., Cruz, L., Navaux, P., & Carvalho, D. (2022). Framework para a Construção de Redes Filogenéticas em Ambiente de Computação de Alto Desempenho. In Anais do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (SSCAD 2022) (pp. 73–84). Sociedade Brasileira de Computação. https://doi.org/10.5753/wscad.2022.226366
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Created: 9th Jan 2024 at 12:54

Last updated: 9th Jan 2024 at 12:57

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